PGx Testing

Di era Precision Medicine seperti saat ini, pengobatan tidak hanya ditentukan oleh jenis penyakit dan gejalanya namun juga ditentukan oleh genetik pasien yang bersangkutan. Seringkali kita menemukan kasus untuk jenis penyakit dan obat yang sama dengan pasien berbeda dapat terjadi respon yang berbeda pula. Sebagian dapat sembuh dengan cepat, sebagian lain sembuh namun butuh waktu lebih lama, sebagian lain tidak merasakan efek penyembuhan sama sekali atau bahkan mendapat efek negatif seperti keracunan obat.

Gambar 1. Perbedaan efek obat pada diagnosis yang sama namun pasien yang berbeda¹

Lalu apakah ada cara dokter atau klinisi untuk memperkirakan respon pasien terhadap pengobatan tertentu? Ada. Saat ini mulai berkembang salah satu pengujian yang disebut PGx testing.

Gambar 2. PGx testing²

Pharmacogenetics atau Pharmacogenomics (PGx) testing merupakan pengujian terhadap Pharmacogene, yaitu gen atau kumpulan gen yang dapat mempengaruhi cara tubuh merespon obat. Hasil dari pengujian ini dapat membantu dokter atau klinisi untuk memilih pengobatan yang lebih cocok dengan pasien.

Penelitian membuktikan bahwa PGx testing sebelum meresepkan obat dapat mencegah Adverse Drug Reactions, meningkatkan efisiensi dan mengurangi biaya pengobatan secara keseluruhan. Beberapa obat yang idealnya membutuhkan data Pharmacogenetics diantaranya adalah Carbamazepine (Epilepsi), Tamoxifen (Breast Cancer), Abacavir (HIV)³ dan berbagai obat lainnya termasuk di dalamnya berbagai obat psikiatri dan antidepresan.⁴

Dalam PGx testing, berbagai Pharmacogene diperiksa untuk diketahui jenis variants nya, baik sequence variants (genotyping) maupun structure variants (copy number variation / CNV). Salah satu Pharmacogene yang sering dianalisis adalah gen CYP.  Gen ini merupakan pengkode enzim Cytochrome P450, enzim yang terlibat dalam reaksi metabolisme obat. Dari puluhan gen CYP, terdapat beberapa gen yang diketahui memiliki pengaruh cukup tinggi dalam pengobatan (terlibat dalam 40% metabolisme obat) yaitu CYP2C19, CYP2C9 dan yang paling terkenal adalah CYP2D6⁴.

PGx Testing dengan MassArray (Agena, USA)

Berbagai metode analisis telah digunakan dalam PGx testing diantaranya adalah Microarray, Sequencing (NGS atau Long Read Sequencing) dan MassArray.⁵

Teknologi MassArray (Agena, USA) merupakan metode PGx testing yang multiplexing (dapat menguji berbagai parameter sekaligus), straightforward (hanya mendeteksi varian yang relevan secara klinis), cost-effective, jumlah sampel yang fleksibel, simpel serta waktu analisa dan pengolahan data yang cepat dalam 1 hari kerja (8 jam).

Gambar 3. Tahapan serta waktu analisa dengan MassArray (Agena, USA)²

Selain itu tidak seperti metode tradisional, PGx testing dengan MassArray memungkinkan untuk menganalisa sequence (genotyping) dan structure variants (CNV) dalam satu workflow yang sama.

 

Gambar 4. Perbandingan wokflow PGx testing dengan Agena dan traditional workflow⁶

Kelebihan lain menggunakan MassArray (Agena, USA) yaitu mampu mendeteksi hybrid alleles pada gen CYP2D6 saat analisis Copy Number Variation (CNV). Hybrid alleles merupakan kondisi ketika terjadi penggabungan antara gen CYP2D6 (yang ingin diketahui nilai CNV nya) dengan gen CYP2D7 (yang memiliki kemiripan dengan CYP2D6). Dengan metode CNV tradisional, keberadaan hybrid alleles seringkali tidak terdeteksi sehingga menyebabkan ketidaksesuaian hasil. Pada MassArray, hybrid alleles dapat dideteksi sehingga hasil pengujian menjadi lebih akurat.

Gambar 5. Deteksi Hybrid Allele dengan MassArray (Agena, USA)²

Selain untuk PGx testing, MassArray juga dapat digunakan untuk berbagai pengujian lain di bidang klinis seperti Oncology testing (Tumor Profiling dan Liquid Biopsy testing pada Melanoma, Lung dan Colon Cancer), SARS-COV2-Flu testing, Cystic Fibrosis testing, DNA methylation dan berbagai pengujian lainnya.

Gambar 6. Panel MassArray (Agena, USA)

Untuk info lebih lanjut mengenai PGx testing, MassArray maupun pengujian klinis lainnya, silahkan menghubungi PT. Alphasains Dinamika melalui sales@alphasains.com.

Alphasains Dinamika merupakan distributor peralatan laboratorium yang memiliki keagenan berbagai brand dari berbagai negara di dunia, baik Asia, Amerika maupun Eropa. Beberapa brand diantaranya adalah Thermo Scientific (USA), Agena (USA), DeltaPix (Denmark), Young In Chromass (Korea Selatan), OSS (USA), dan lainnya.

 

Referensi :
1. https://www.labclinics.com/2017/07/10/pharmacogenetics-pharmacogenomics-test/?lang=en
2. https://www.agenabio.com
3. https://medlineplus.gov/lab-tests/pharmacogenetic-tests/
4. Taylor C, et al. A Review of the Important Role of CYP2D6in Pharmacogenomics. Genes (Basel). 2020 Oct 30;11(11):1295. doi: 10.3390/genes11111295. PMID: 33143137; PMCID: PMC7692531.
5. van der Lee, M., et al, J.J. Technologies for Pharmacogenomics: A Review. Genes2020, 11, 1456. doi : 10.3390/genes11121456
6. https://www.linkedin.com/company/agena-bioscience/